Amangkurat I cũng có mâu thuẫn với Thái tử Rahmat (sau này là Amangkurat II). Xung đột bắt đầu với thông báo rằng vị trí thái tử sẽ được chuyển giao cho Vương tử Singasari (một người con trai khác của Amangkurat I). Sau đó vào năm 1661, Rahmat lãnh đạo một cuộc nổi dậy chống lại cha mình nhưng không thành công. Amangkurat đàn áp toàn bộ đoàn tùy tùng ủng hộ con trai ông nhưng thất bại trước Rahmat vào năm 1663.

Thái tử cảm thấy cuộc sống của mình không an toàn trong triều đình sau khi lấy thiếp của cha mình là Rara Oyi với sự giúp đỡ của ông ngoại là Pangeran Pekik của Surabaya. Điều này khiến Amangkurat nghi ngờ về một âm mưu giữa các phe phái Surabaya nhằm giành lấy quyền lực ở thủ đô bằng cách sử dụng vị trí thái tử đầy quyền lực của cháu ngoại Pekik. Amangkurat kết án tử hình cha vợ của mình, Pangeran Pekik, với cáo buộc bắt cóc Rara Oyi cho thái tử. Amangkurat tha thứ cho con trai mình sau khi buộc ông phải tự tay giết Rara Oyi.[cần dẫn nguồn]